A montadora afirmou, em nota, que conduziu uma investigação interna por vários meses e descobriu que Ghosn "subnotificou seus rendimentos" às autoridades.
"Numerosos outros atos de conduta indevida foram descobertos, como uso pessoal dos ativos da companhia", diz o comunicado.
A empresa acrescentou que vai retirar o executivo, de 64 anos, do cargo.
"A Nissan pede desculpas por causar grande preocupação aos nossos acionistas e parceiros."
A nota acrescenta que a companhia está fornecendo informação aos promotores públicos do Japão e cooperando com as investigações.
Outro alto executivo do grupo, Greg Kelly, também estaria em envolvido em fraudes e seria demitido, segundo a empresa.
Quem é Carlos Ghosn?
Além do cargo na Nissan, Ghosn também é presidente do conselho e CEO da Renault e presidente do conselho da Mitsubishi Motors, empresas com quem a Nissan tem parceria.
Além disso, ele controla a aliança estratégica Renault-Nissan-Mitsubishi Motors.
O executivo é considerado um "titã" da indústria automobilística há quase 20 anos. Ele foi responsável por uma reviravolta dramática na Nissan no início dos anos 2000, quando a empresa de automóveis estava à beira da falência.
Apelidado de "eliminador de custos" nos anos 1990 por cortar empregos e fechar fábricas, sua reputação foi consolidada depois que a estratégia foi bem-sucedida.
O status de herói foi tão difundido no país que sua trajetória foi ilustrada em mangás, as famosas histórias em quadrinhos japonesas.
Em uma pesquisa de opinião realizada em 2011, perguntaram aos japoneses quem eles gostariam que governasse o país. Ghosn ficou em sétimo lugar, na frente do ex-presidente dos EUA Barack Obama (em nono).
Nascido no Brasil, em Rondônia, com ascendência libanesa e cidadania francesa, ele diz que sua origem o deixou com um sentimento de ser diferente, o que o ajudou a se adaptar a novas culturas.
Ele chegou a ser cogitado como um potencial candidato a presidente do Líbano, mas acabou descartando a possibilidade porque já tinha "muitos empregos".
Formado em engenharia pela Escola Politécnica e pela Escola de Minas de Paris, Ghosn iniciou sua carreira na Michelin - ocupando cargos na França e no Brasil. Na sequência, foi para a Renault. Ele se juntou à Nissan em 1999, depois que a Renault comprou uma participação na montadora japonesa, e se tornou seu principal executivo em 2001.
Análise
Por Theo Leggett, correspondente de negócios
Ghosn é uma figura imponente na indústria automobilística. É atribuída a ele a volta por cima da Renault e da Nissan, antes de se tornar a peça central da Aliança Renault-Nissan. Esse eixo franco-japonês, que agora também inclui a Mitsubishi, é uma das maiores montadoras do mundo.
A questão é o que acontece agora. Ghosn já tinha começado a perder parte de suas responsabilidades - ele se afastou do cargo de CEO da Nissan no ano passado e recentemente deixou de lado algumas responsabilidades diárias na Renault. Mas esperava-se que ele continuasse como presidente da Renault e no comando geral da aliança nos próximos anos.
O anúncio de hoje parece minar essa estratégia. Não está claro o que a Renault fará agora. Mas os planos para sua sucessão - e potencialmente para o futuro da complexa estrutura Renault-Nissan-Mitsubishi - podem possivelmente estar em aberto.